Kantor pusat UNHCR di Indonesia terletak di Jakarta.
Disamping itu, UNHCR juga memiliki kehadiran di Medan, Tanjung Pinang, Pekanbaru, dan Makassar.
Bekerjasama dengan pemerintah setempat dan mitra lainnya, UNHCR melaksanakan mandatnya memberikan perlindungan dan bantuan bagi pengungsi dan pencari suaka di kota – kota dimana mereka berada.