Visoki komisar je kot vodja organizacije odgovoren za usmerjanje in nadzorovanje njenega delovanja. Visoki komisar usmerja delo UNHCR s pomočjo svojega namestnika in pomočnikov za zaščito in izvajanje programov pomoči.

Organizacija UNHCR ima okoli 10,800 zaposlenih na državni in mednarodni ravni, ki delujejo v 128 državah po svetu, večina dejavnosti pa poteka na terenu. Delovanje UNHCR-ja je z leti postalo vse bolj zapleteno: od zaposlovanja novih kadrov in zagotavljanja varnih pogojev dela do koordinacije razpošiljanja zdravil ter zagotavljanja letalskih prevozov. Posebni oddelki, ki se večinoma nahajajo na sedežu UNHCR-ja v Ženevi, nadzirajo ključna področja dejavnosti organizacije, kot so različne operacije po svetu, izvajanje zaščite, zunanji odnosi, upravljanje s človeškimi viri in finančne zadeve. Določeno število regionalnih uradov skrbi za stalno komunikacijo med glavnim sedežem in uradi na nacionalni ravni.