تولي المفوضية أهمية كبيرة للتعاون مع الشركاء المنفذين والتشغيليين في مصر، ولا سيما تعزيز الشركاء الوطنيين.
تحتفظ المفوضية بشراكات استراتيجية مع الشركاء لتنفيذ البرامج أو المشاريع التي توفر الحماية والحلول للأشخاص الذين أجبروا على الفرار.
من أجل تقديم بعض الخدمات للاجئين وطالبي اللجوء، تعمل المفوضية مع الشركاء المنفذين والتشغيليين.
يتم تمويل الشركاء المنفذين من قبل المفوضية، ولكن لا يتلقى الشركاء التشغيليون تمويلًا من المفوضية، إلا إنهم يلعبون دورًا رئيسيًا في خدمة اللاجئين.
