מוקד הסיוע לפליטים ומהגרים הוקם בשנת 1998. המוקד, שבעבר היה מוכר גם בשם ´מוקד הסיוע לעובדים זרים´, מתמחה בסיוע משפטי, שירותים משפטיים ופרה-משפטיים, פיקוח על מתקני כליאה, קידום חקיקה וקידום מדיניות ציבורית עבור פליטים ומבקשי מקלט (תכניות נוספות של המוקד מתמקדות בעובדים זרים, לחימה בסחר בבני אדם, חינוך והסברה לציבור הישראלי). נציבות האו”ם לפליטים עובדת עם המוקד ותומכת בעבודת ´המרכז לטיפול במשברים´ במסגרתו פועלים מוקד טלפוני ושעות קבלת קהל חמישה ימים בשבוע, בהן צוות המוקד מספק ייעוץ, מידע ותמיכה פרה-משפטית ל- 2000 מבקשי מקלט בשנה. צוות עובדי ומתנדבי המוקד מבקרים על בסיס קבוע במתקני המעצר ובמתקן השהייה של מבקשי המקלט “חולות”, ומסייעים למוחזקים שם בייצוג משפטי ופרה-משפטי במאמץ להבטחת שחרורם. כמו כן, נציבות האו”ם לפליטים עובדת עם המוקד על אתגרים משפטיים על מנת להבטיח כי הליך המקלט בישראל תואם את הדין, אמות המידה והעקרונות הבינלאומיים.
המרכז לקידום פליטים אפריקאים (ARDC) הוא ארגון לא ממשלתי אשר צמח מתוך הקהילה עצמה והוקם על ידי פליטים אפריקאים ואזרחים ישראלים בשנת 2004, על מנת לספק שירותים וסיוע הומניטרי למבקשי המקלט והפליטים בישראל. עבודת המרכז כוללת: סיוע בהגשת בקשות מקלט, חינוך למבוגרים, פיתוח והעצמה קהילתית, קידום מדיניות והעלאת מודעות. כיום, תומכת נציבות האו”ם לפליטים במרכז לקידום פליטים אפריקאים המסייע הן במתן גישה להשכלה גבוהה והן בהגשת בקשות מקלט סיוע ב- RSD – תחת פרוייקט ה- Asylum Application Assistance. מטרת תכניות החינוך של המרכז היא העצמה של פליטים ומבקשי מקלט. התכנית מציעה שירותים חינוכיים וסיוע בהנגשת מערכת ההשכלה הגבוהה בישראל, ובנוסף שיעורי שפות והכשרות מקצועיות. תכנית AAA מטרתה להבטיח כי מבקשי המקלט יזכו למירב ההזדמנויות לקבל מקלט מפני הרדיפות, דרך ייעוץ אישי והסברה על הליך קביעת מעמד פליט בישראל (RSD) ותמיכה לאורך שלבי ההליך. בנוסף, המרכז לקידום פליטים אפריקאים מסייע לאריתראים וסודאנים להגיש בקשות ל”תכניות חסות” (sponsorship programs) במדינות שלישיות.
ארגון א.ס.ף הוקם בשנת 2007 למטרות סיוע לפליטים ומבקשי מקלט והוא עוסק בקידום מדיניות לשינוי חברתי, העצמה קהילתית ותמיכה פסיכו-סוציאלית. נציבות האו”ם לפליטים תומכת בתכנית הפסיכו-סוציאלית של א.ס.ף, הכוללת טיפול פרטני וקבוצתי וכן סיוע כלכלי צנוע לכמה מן המקרים הפגיעים ביותר בקרב מבקשי המקלט. התכנית, המתמקדת באוכלוסיות הפגיעות ביותר בקרב מבקשי המקלט, (ביניהן בעלי מוגבלויות, בעלי מחלות פיזיות או נפשיות ,קרבנות עינויים, אימהות חד הוריות וכד´), מסייעת לאוכלוסיות אלה להתחיל את חייהן מחדש בכבוד, תוך קידום יכולתן לחיות באופן עצמאי .בנוסף, מרכז התמיכה והסנגור של עמותת א.ס.ף מספק צוות מקצועי ומתנדבים המסייע בהערכת צורכיהם של הפונים, מספק מידע על זכויותיהם בישראל, שירותים נגישים, הפניות לגופים המטפלים ובמקרה הצורך, צירופם לאחת מקבוצות התמיכה הפסיכו-סוציאליות של א.ס.ף. זאת ועוד, א.ס.ף מקיים פעילויות קבועות לקטינים בלתי מלווים ולבני נוער פליטים.
המרפאה הפתוחה של רופאים לזכויות אדם – ישראל, הממוקמת ביפו, פועלת מאז 1998 ומספקת שירותי רפואה וייעוץ למהגרים חסרי מעמד ונטולי ביטוח רפואי ולמבקשי מקלט בישראל. נציבות האו”ם לפליטים מסייעת לארגון רופאים לזכויות אדם – ישראל לספק שירותי רפואה ראשוניים ומשניים וכן שירותים פרה-רפואיים לאנשים ללא ביטוח רפואי, בעזרת צוות רפואי מתנדב וצוות אדמיניסטרטיבי. בנוסף, רופאים לזכויות אדם – ישראל מקדם כיבוד והגנה ארוכת טווח של הזכות לבריאות של אוכלוסיות פגיעות באמצעות סינגור והעלאת המודעות הציבורית אצל בעלי העניין המדינתיים.
המרכז להגירה בינלאומית ולקליטה יוסד על ידי ג´וינט-ישראל ב- 1998 כארגון עצמאי ללא מטרות רווח אשר שם לעצמו למטרה לסייע לישראל באתגרי ההגירה העומדים בפניה. המרכז מתמקד במיוחד בסיוע למקבלי ההחלטות ומיישמיהן הן במדינת המוצא והן במדינה המארחת, וכן למהגרים עצמם, לנהל את אתגרי ההגירה וההשתלבות באופן יעיל יותר. בישראל, נציבות האו”ם לפליטים עובדת עם המרכז להגירה בינלאומית ולקליטה בערים מחוץ לתל אביב, ביניהן ערד, ירושלים ואילת, בפעילות להנגשת שירותים עירוניים למבקשי המקלט.
מסיל”ה יוסד על ידי ראש עיריית תל אביב בשנת 1999 על מנת לספק שירותים בסיסיים לקהילה הזרה, תוך התמקדות מיוחדת בילדים ובמשפחות. עקב תת-התנאים המדאיגים השוררים ברוב מסגרות היום של ילדי מבקשי המקלט המכונים גם “בייביסיטרים פיראטים” (Pirate Babysitters), המסכנים את חייהם, בריאותם והתפחותם של ילדים בסיכון, נציבות האו”ם לפליטים תומכת במסיל”ה לשיפור המצב באמצעות מתן סיוע וייעוץ פדגוגי למטפלות, להורים ולקהילות. בעקבות מותם של חמישה פעוטות במסגרות ה”בייביסיטרים”, באפריל 2015 אישרה ממשלת ישראל תקציב של 14 מיליון ש”ח לשנה למשך ארבע שנים על מנת לפתוח 21 מעונות לפעוטות בתל אביב, בהתבסס על מודל העבודה של “יוניטף”, במסגרתו קיבל מסיל”ה קיבל את האחריות לנהל וליישם את הפרויקט. בנוסף, ארגון מסיל”ה מספק סיוע פרטני וקבוצתי לילדים ולנוער בסיכון.
ארגון קו לעובד הוקם בשנת 1991 במטרה להגן על זכויותיהם של העובדים הפגיעים ביותר המועסקים בישראל, או המועסקים על ידי ישראלים מעבר לקו הירוק, ביניהם מבקשי מקלט, פלשתינאים, מהגרי עבודה, עובדי קבלן ומהגרים חדשים. נציבות האו”ם לפליטים פועלת יחד עם קו לעובד לקידום מדיניות כמו גם מתן מידע משפטי, סיוע וייצוג ליותר מ – 1000 פליטים ומבקשי מקלט מדי שנה. הפעילות כולל ייעוץ פרטני וסיוע משפטי בנוגע לזכויות עובדים באזורים בהם מרוכזת האוכלוסייה בתל אביב, ירושלים, חיפה, באר שבע, ערד ואילת. זאת ועוד, נציבות האו”ם לפליטים תומכת בפעולות המחקר של קו לעובד בנושאים המשפיעים על מבקשי ומבקשות מקלט במקומות עבודתם.